Il y a lieu de penser que le SJSR est causé par une des affections sous-jacentes ci-après :
un déficit en fer ou de certaines vitamines,
une insuffisance rénale,
le diabète,
la maladie de Parkinson,
d'autres affections du système nerveux,
l'arthrite,
une grossesse,
des médicaments employés pour soigner la nausée,
les crises épileptiques,
la dépression ou une psychose.
Les personnes touchées par ces affections ressentent parfois du soulagement lorsque leur affection sous-jacente est traitée ou lorsque le médicament responsable est abandonné.
Il est possible que la consommation de café, d'alcool ou de tabac aggrave ou déclenche les symptômes des personnes atteintes du SJSR .
Le fait de réduire l'ingestion de ces substances ou d'arrêter totalement d'en consommer pourrait soulager ou enrayer les symptômes du SJSR. Le manque de sommeil semble également aggraver le trouble.
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